1. Vụ Kế hoạch, tài chính
2. Vụ Khoa học, Công nghệ và Hợp tác quốc tế
3. Vụ Pháp chế, Thanh tra
4.Vụ Kiểm soát an toàn thiên tai
5. Vụ Quản lý thiên tai cộng đồng
6. Vụ Quản lý đê điều
7. Văn phòng Tổng cục
8. Cục ứng phó và Khắc phục hậu quả thiên tai
9. Trung tâm Chính sách và Kỹ thuật phòng chống thiên tai
