1. Văn phòng Cục;

2. Phòng Kế hoạch, Tài chính;

3. Phòng Thanh tra, Pháp chế;

4. Phòng Hợp tác quốc tế và Khoa học công nghệ;

5. Phòng Kiểm soát an toàn thiên tai;

6. Phòng Quản lý quy hoạch và Đầu tư;

7. Phòng Thông tin, Truyền thông;

8. Phòng Quản lý thiên tai cộng đồng;

9. Phòng Quản lý đê điều;

10. Phòng Ứng phó và Khắc phục hậu quả thiên tai;

11. Phòng Quản lý công trình phòng, chống thiên tai;

12. Văn phòng đại diện Cục tại khu vực miền Trung và Tây nguyên;

13. Văn phòng đại diện Cục tại khu vực miền Nam.

14. Trung tâm chính sách và Kỹ thuật phòng chống thiên tai