1. Văn phòng.

2.  Phòng Hợp tác quốc tế.

3. Phòng Kế hoạch - Tài chính.

4.  Phòng Thanh tra - Pháp chế.

5. Phòng Quản lý đê điều.

6. Phòng Kiểm soát an toàn thiên tai.

7. Phòng Ứng phó và khắc phục hậu quả thiên tai.

8. Phòng Quản lý rủi ro thiên tai cộng đồng và truyền thông.

9. Phòng Cơ sở dữ liệu phòng, chống thiên tai.

10. Trung tâm Chính sách và Kỹ thuật phòng, chống thiên tai.